W latach trzydziestych XIII wieku część pruska Mierzei (do której zaliczany jest obecny teren gminy Sztutowo) została przejęta i podporządkowana przez Zakon Krzyżacki. Porośnięte bogatymi lasami tereny stanowiły dogodny teren łowiecki.

Zakon dysponował także rybołówstwem w rzekach i Zalewie Wiślanym oraz uzyskiwał dochody z bursztynu, na który miał zapewniony monopol. W Sztutowie znajdowała się hodowla klaczy (wskazuje na to nazwa miejscowości - Studhoff - stadnina klaczy, stude = stute - klacz). Możliwe jest, że stadnina ta należała do wielkiego mistrza Zakonu Krzyżackiego.

Miejscowości położone na Mierzei zostały połączone drogami, z których największe znaczenie miał szlak pocztowy prowadzący z Gdańska przez Sztutowo do Królewca, który powstał na początku XV wieku. Część karczm, położonych przy tym szlaku stała się stacjami pocztowymi przy szlaku z Gdańska do Królewca. W XVII wieku poczta została zinstytucjonalizowana.

W trakcie XVII-wiecznych wojen szwedzkich Żuławy i Mierzeja stanowiły główny cel Karola Gustawa. W skutek wojen na gospodarstwach utrzymywali się tylko zamożniejsi gospodarze.

Sztutowo w przeciągu XIX wieku stało się największą wsią mierzejową. Już na koniec XVIII wieku liczyło ponad 130 zabudowań, podczas gdy np. Stegna 79, Jantar 75, Kąty Rybackie 26, Skowronki 15, a część Krynicy Morskiej ( Liep ) zaledwie 8.
W drugiej połowie XIX wieku powstał w samym Sztutowie niewielki port na Bałtyku.

Gdy w 1900 roku pojawiła się linia kolejki wąskotorowej, doprowadzona z węzła w Stegnie, także do Sztutowa zaczęli docierać gdańscy letnicy, dla których zabrakło już miejsca w Mikoszewie, Jantarze i w Stegnie. Wieś stała się następną atrakcyjną bazą turystyczną na Mierzei.

Podczas II wojny światowej w Sztutowie znajdował się KL Stutthof.

Do 1975 roku tereny gminy Sztutowo należały do województwa gdańskiego. W 1973 roku Sztutowo zostało ośrodkiem gminnym. Obecnie Sztutowo wraz z gminą należy do województwa pomorskiego.